Bardzo znany, bardzo z Krakowem kojarzony kościół na Skałce…
Dzisiejszy jest prawdopodobnie trzecim z kolei, jaki stanął w tym miejscu. Pierwotną romańską rotundę św. Michała Archanioła, w której miał zginąć bp Stanisław, przebudowano na modłę gotycką z fundacji Kazimierza Wielkiego w XIV wieku. Ten zaś kościół, zniszczony podczas najazdu Szwedów w połowie XVII wieku, zdecydowano się rozebrać. Ostateczny wygląd obecnej – barokowej – budowli, w tym także monumentalne dwubiegowe schody prowadzące do wnętrza świątyni, zawdzięczamy warszawskiemu architektowi Antoniemu Solariemu. Nowemu kościołowi nadano podwójne wezwanie: św. Michała Archanioła oraz św. Stanisława Biskupa i Męczennika.
 Legendę o św. Stanisławie wszyscy znają. Konflikt z królem Bolesławem Śmiałym zaowocował zabójstwem biskupa, ale przyczyny giną w pomroce dziejów przykryte warstwami interpretacji, manipulacji. Czy biskup upomniał króla za istotnie niecne postępowanie czy też jak pisze Gall Anonim był „traditorem” (łac. zdrajca)i spiskował przeciw władcy? Kto miał rację, nie wiadomo, ale władca stracił władzę, a nad państwem zawisły ciemne chmury. Obecnie wewnątrz kościoła, w ołtarzu kaplicy św. Stanisława, można zobaczyć rzekomo pień, na który w momencie śmierci padły krople krwi biskupa. Na ścianie kaplicy umieszczono zachowane resztki kamiennych stopni ołtarza, na których rozsierdzony król miał zabić męczennika. Ważnym miejscem kultu biskupa stała się położona obok kościoła sadzawka. Według jednej z wersji legendy to do niej orły przeniosły poćwiartowane zwłoki biskupa, które tam cudownie się zrosły.
Pomiędzy schodami wejście do Krypty Zasłużonych powstałej w latach 1876-1880 , miejsca pochówku ważnych osobistości, twórców. Przede wszystkim spoczywa tu Jan Długosz, który sprowadził paulinów, poza tym K. Szymanowski, J. I. Kraszewski, A. Asnyk, S. Wyspiański, H. Siemiradzki, J. Malczewski, W. Pol i oczywiście Cz. Miłosz.